但邱义仁坚持不请辞“副院长”职务，引发争议。高雄大学政法系副教授廖义铭不以为然地说，做错事情该下台就要下台，哪有什么矫情、不矫情？如果下台叫做矫情，还有什么责任政治可言？“就算五二○前一天也要下台！”

　　廖义铭说，政务官因政党轮替下台和负政治责任下台，意义不同。他也质疑，“行政院长”张俊雄希望邱义仁留下来帮助厘清案情的说法，可能是担心邱义仁如果下台，此案没有人可以压得下来，会波及到更上层。

　　眼看“外交”丑闻越演越烈，陈水扁主持“驻外大使”宣誓仪式后私下与张俊雄谈到这一弊案，要张对相关人士追究责任，“同时也要追人、追钱，全力追查金纪玖目前人在何方，还有要把十亿元追回来。”

　　张俊雄随即邀集“内政部长”李逸洋、“法务部长”施茂林、警政署长侯友宜等官员会商，指示尽全力与所有的调查机构合作，希望在五二○政权交接前，将此案调查清楚，向大家交代，他强调：“‘行政院’绝不包庇、不护短，谁该负什么责任，一切依法处理。”邱义仁从5日起请假至12日，并未与会。

　　对于是否批准邱义仁请辞？张俊雄说，他没有接到邱的辞呈，现在离五二○只剩两个礼拜，“最重要的是厘清事实”。